Jak wszyscy wiemy, głównym przeznaczeniem chakry jest wykorzystanie jej do technik Ninjutsu. Te z kolei dzielą się na odpowiednie rodzaje, związane ze standardową sztuką shinobi, bądź też poszczególnymi żywiołami. Tutaj dochodzimy do sedna sprawy, którym jest natura używanej do owych technik energii. Podczas gdy posługujemy się zwykłymi technikami, jak na przykład Henge no Jutsu, wszystko można sprowadzić do naturalnej, niebieskiej chakry (bazującej również na składaniu podrodzajów „yin” i „yang”, jednak na ten temat nadal niewiele wiadomo) , bez zbędnego wgłębiania się w jej żywioł. Jeśli jednak mamy do czynienia z, przykładowo, technikami Katon, wszystko wygląda zupełnie inaczej.

Każdy shinobi ma z góry wyznaczoną naturę chakry. Decyduje ona o tym, technikami którego z żywiołów będzie mógł się on posługiwać. W tym wypadku ninja z chakrą natury ognia posługuje się Katon no Jutsu, jednak inne techniki pozostaną w sferze jego marzeń – chyba że przejdzie odpowiednio ciężki i długi trening, aby wypracować w sobie drugą naturę.
Natur chakry jest łącznie pięć – Ogień, Woda, Ziemia, Wiatr i Piorun. Każda z nich symbolizuje jedną z największych Ukrytych Wiosek. Ponadto każda z nich jest związana z drugą w pewnym ściśle określonym porządku. Każda natura ma przewagę nad jedną z innych, tak samo jest ze słabością. Przykładowo, ninja walczący technikami ognia ma o wiele większe szanse w pojedynku z przeciwnikiem posługującym się technikami wiatru, zaś w starciu z wodą jego szanse diametralnie maleją. Wszystkie zależności między poszczególnymi żywiołami przedstawia diagram poniżej.

Ostatnią rzeczą związaną z naturami chakry jest ich łączenie i tworzenie nowych, a mianowicie tych ściśle związanych z Kekkei Genkai. Aby kreować nowe „żywioły”, należy mieć do tego odpowiednie predyspozycje związane z linią krwi, czyli urodzeniem w klanie z niezbędnymi do tego zdolnościami. Jak do tej pory poznaliśmy tylko trzy takie osoby: Haku, Shodai Hokage oraz Tenzou. Dzięki umiejętnej fuzji dwóch odmiennych rodzajów chakry można używać stosować oryginalne żywioły, takie jak Mokuton (ziemia i woda) czy też Hyouton (woda i wiatr).